HELİCOBACTER PYLORİ GONARTROZ ETİYOLOJİSİNDE ROL OYNAR MI ?

TÜSEB Tamamlandı 14.12.2023-14.06.2024

YENİ KORONA VİRÜS HASTALIĞI 2019’A (COVID-19) KARŞI İKİ FARKLI EKSPRESYON SİSTEMİ KULLANILARAK AŞI GELİŞTİRİLMESİ (Proje No:8822)

Rekombinant aşı geliştirilmesi

TÜSEB Tamamlandı 31.05.2020-29.08.2022

Yumurtalık Kanserinde Etkili Biyobenzer İlaçların Geliştirilmesi

TÜSEB Tamamlandı 09.07.2021-09.07.2023

Yeşil Kimya ile Sentezlenen Altın ve Seryum Oksit Nanopartiküllerin Nöroprotektif Etkisinin İn Vivo ve İn Vitro Şartlarda Değerlendirilmesi

TÜSEB Tamamlandı 01.11.2022-01.11.2023

A Flexible and Easy-to-use Pipeline for Next Generation Sequencing Analysis of Cancer Samples

TÜSEB Tamamlandı 01.12.2020-01.12.2021

Synthesis and Characterization of Next Generation Therapeutic Antibody-Drug Conjugate for Ovarian Cancer

Antikor-İlaç Konjugatı sentezi ve karakterizasyonu. Ayrıca etkinliğinin yumurtalık kanser hücre hatlarında araştırılması.

TÜSEB Tamamlandı 06.07.2021-06.07.2023

Farelerde Oluşturulan Proliferatif Vitreoretinopati Modelinde İntravitreal Olarak Uygulanan Nintedanib Tedavisinin Etkililik ve Güvenilirliğinin Değerlendirilmesi

TÜSEB Tamamlandı 01.12.2022-01.03.2023

İlaç Taşıyıcılı Fonksiyonel Yara Örtülerinin Doğrudan Uygulanmasına Yönelik Taşınabilir “Bionanofiber Tabancası” Geliştirilmesi ve Doku Mühendisliği Optimizasyonları

TÜSEB Tamamlandı 01.02.2024

Sıçanlarda Valproik Asitle Oluşturulmuş Otizm Modelinde Barrel Korteks Morfolojisinin İncelenmesi

Amaç: Otizm, sosyal etkileşim sorunları ve tekrarlayan stereotipik hareketlerle karakterize edilen nörogelişimsel bir bozukluktur ve son yıllarda prevelansı giderek artmaktadır. Otistik bireylerin %90'ından fazlasında görülen duyusal anormallikler, uyaranlara aşırı ya da yetersiz tepki, uyaranların duyusal kodlanmasında ve nöronal entegrasyonunda farklılaşma olarak kendisini gösterir. Sıçan somatik duyu korteksinde bulunan ve her biri bir bıyığı temsil eden barrel isimli hücre grupları, duyu çalışmalarında yarım yüzyıldır kullanılan temel modellerden biridir. Bıyıkların erken neonatal dönemde lezyonlanması, barrel gruplarının somatotopografik yapısını bozar ve nöroplastisite bağlamında incelemeleri mümkün kılar. Benzer şekilde nöron dendritlerinin morfolojik analizi anormal bağlantılar ve devreler hakkında önemli bilgiler verir. Yöntem: Mevcut çalışmada sıçanlarda valproik asit ile oluşturulan otizm modelinde somatik duyu korteksinde morfolojik değişiklikleri incelenmiştir Prenatal valproik asit maruziyetiyle otizm benzeri fenotip oluşturulan hayvanların bir grubunda bıyıklar lezyonlanmış ve korteksin sitokrom-c ile boyanmasıyla genel morfolojik değişimler hacim hesaplama yöntemiyle ortaya konmuş, diğer grubunda ise hücre düzeyindeki farklılıklar, lamina 4 ve 5 nöronlarında Golgi-Cox boyamayla dendritik morfoloji seviyesinde incelenmiştir. Bulgular: Somatik duyu korteksinde thalamokortikal girdileri alan lamina 4 dikenli yıldızsı nöronlarda barrel hacimlerinde, dentritik dallanmalarda ve dikenlerde bir fark gözlenmemiştir. Korteksten çıktıyı ileten lamina 5 piramidal nöronların dendrit dallanmalarında artış, apikal, oblik ve bazal dendritlerindeki dikenlerde zayıflama ve yalnızca bazal dendritlerinde sayıca artış gözlenmiştir. Sonuç: Sıçanlarda valproik asit maruziyetiyle oluşturulan otizm modelinde hücre ve dendrit türüne göre değişen morfolojik anormallikler, hücre tipine özeldir ve yerel devrede oluşan farklılaşmalara işaret etmektedir.

TÜSEB Tamamlandı 01.09.2023-01.02.2024

İnfertil hastalarda kümülüs hücrelerinin mRNA-miRNA entegre analizi:oosit/embriyo kalitesi ve in vitro fertilizasyon sonuçlarına etkisi

İnfertilite,mRNA,miRNA, transkriptomiks

TÜSEB Tamamlandı 27.04.2020-22.11.2023

Polikistik Over Sendromunun Alt Gruplarının Belirlenmesi için Deneysel Metabolik Verilerin Derin Öğrenme Yaklaşımları ile Analizi

PKOS,metabolomiks,1 H NMR, büyük veri

TÜSEB Tamamlandı 27.04.2022-13.01.2023

İnfertil hastalarda kümülüs hücrelerinin mRNA*miRNA entegre analizi:oosit/embriyo kalitesi ve in vitro fertilizasyo sonuçlar

İnfertilite,mRNA,miRNA, transkriptomiks

TÜSEB Tamamlandı 27.04.2020-22.11.2023

Polikistik Over Sendromunun Alt Gruplarının BElirlenmesi için Deneysel Metabolomik Verilerin Derin Öğrenme Yaklaşımları ile Analizi

PKOS, metabolomiks, 1H NMR, büyük veri

TÜSEB Tamamlandı 27.04.2020-13.01.2023

Sağlıklı Ergen (16-18 Yaş) Gönüllülerde İki Doz İnaktif COVID-19 Aşısına (TURKOVAC) Karşı İki Doz CoronaVac (Sinovac) Aşısının Etkililiğinin, İmmünojenisitesinin ve Güvenliliğinin Değerlendirildiği, Çok Merkezli, Randomize, Gözlemci Kör Faz IIB Klinik Çalışma

Aşı

TÜSEB Tamamlandı 22.01.2022-17.05.2023

Parkinson tedavisinde yeni ilaç geliştirme ve formülasyon çalışmaları: KOJI MG84’ün antinörodejeneratif ve nöroprotektif etkisinin in vitro/in vivo incelenmesi ve farmakokinetik araştırmaları

Nörodejeneratif hastalıklar, Merkezi Sinir Sistemi (MSS)’nde hasarlı hücre varlığı ya da hücre kayıpları ile ortaya çıkan patolojik durumlar olup, beynin özellikli bölgelerindeki nöronların progresif ve geri dönüşümsüz kaybı ile karakterizedir. Nöronların sınırlı yenilenme özelliklerinden dolayı hücre hasarına yatkın oldukları bilinmektedir. Nöron hasarı ya da kaybı, hücre türüne ve MSS’de bulunduğu bölgeye bağlı olarak, psikolojik ve davranışsal bozukluklara neden olmaktadır. Mantar tirozinazına karşı yüksek inhibisyon gösteren, “KOJI MG84” (3-hidroksi-6-(hidroksimetil)-2-[[4-(3,4-diklorobenzil)piperazin-1-il]metil]-4H-piran-4-on) bileşiğinin sentezi ve aktivitelerini kapsayan buluşun Türk, Amerikan ve Avrupa Patentleri tescillenmiştir. Parkinson mikrodoku modelleri üzerinde anti-nörodejeneratif ve nöroprotektif etkilerinin saptanması, son olarak in vivo Parkinson hayvan modellerinde stereotaktik girişim ve histopatolojik inceleme ile bileşiğin anti-nörodejeneratif ve nöroprotektif etkilerinin araştırılması ve farmakokinetik çalışmaları yapılmıştır.

TÜSEB Tamamlandı 06.07.2021-06.07.2023

Parkinson tedavisinde yeni ilaç geliştirme ve formülasyon çalışmaları: KOJI MG84’ün antinörodejeneratif ve nöroprotektif etkisinin in vitro/in vivo incelenmesi ve farmakokinetik araştırmaları

Nörodejeneratif hastalıklar, Merkezi Sinir Sistemi (MSS)’nde hasarlı hücre varlığı ya da hücre kayıpları ile ortaya çıkan patolojik durumlar olup, beynin özellikli bölgelerindeki nöronların progresif ve geri dönüşümsüz kaybı ile karakterizedir. Nöronların sınırlı yenilenme özelliklerinden dolayı hücre hasarına yatkın oldukları bilinmektedir. Nöron hasarı ya da kaybı, hücre türüne ve MSS’de bulunduğu bölgeye bağlı olarak, psikolojik ve davranışsal bozukluklara neden olmaktadır. Mantar tirozinazına karşı yüksek inhibisyon gösteren, “KOJI MG84” (3-hidroksi-6-(hidroksimetil)-2-[[4-(3,4-diklorobenzil)piperazin-1-il]metil]-4H-piran-4-on) bileşiğinin sentezi ve aktivitelerini kapsayan buluşun Türk, Amerikan ve Avrupa Patentleri tescillenmiştir. Parkinson mikrodoku modelleri üzerinde anti-nörodejeneratif ve nöroprotektif etkilerinin saptanması, son olarak in vivo Parkinson hayvan modellerinde stereotaktik girişim ve histopatolojik inceleme ile bileşiğin anti-nörodejeneratif ve nöroprotektif etkilerinin araştırılması ve farmakokinetik çalışmaları yapılmıştır.

TÜSEB Tamamlandı 06.07.2021-22.12.2023

“Sağlıklı Ergen (12-18 Yaş) Gönüllülerde İki Doz İnaktif COVID-19 Aşısına (TURKOVAC) Karşı İki Doz CoronaVac (Sinovac) Aşısının Etkililiğinin, İmmünojenisitesinin ve Güvenliliğinin Değerlendirildiği, Çok Merkezli, Randomize, Gözlemci Kör Faz IIB Klinik Çalışma

“Sağlıklı Ergen (12-18 Yaş) Gönüllülerde İki Doz İnaktif COVID-19 Aşısına (TURKOVAC) Karşı İki Doz CoronaVac (Sinovac) Aşısının Etkililiğinin, İmmünojenisitesinin ve Güvenliliğinin Değerlendirildiği, Çok Merkezli, Randomize, Gözlemci Kör Faz IIB Klinik Çalışma

TÜSEB Tamamlandı 21.01.2021-17.05.2023

Anti kanser ilaç rituximabı parçalayan proteaz enzimlerinin Tetrahymena thermophila sekretomundan belirlenmesi, kimliklendirilmesi ve genomdan silinerek mAb üretim verimliğinin arttırılması

Projemiz organizmal üretim fabrikası olan T. thermophila’da anti-kanser rituximab üretim seviyesi 20 mg/L olarak bildirilmiş olup minimum endüstriyel üretim seviyesinden (2 gr/L) 100 kat daha düşük verimlilikte bir üretime sahiptir. T.thermophila SB210 ırkı, yaklaşık 27000 protein kodlayan gen içermekte olup proteaz enzim gen ailesi 480 (%1.7) üyeye sahiptir. T. thermophila sekretom proteaz ailesi “sistein proteazlarca” zengin olduğu raporlanmasına karşılık metallo proteazlar, aspartik proteazlar ile serin proteazları çok sınırlı içermektedir. T.thermophila sekretomunda bulunan bu proteazların biyoreaktörde biriktirmeli rekombinant rituximab üretim esnasında rituksimab’ı parçalayarak üretim verimliliğini düşürmesi, projemizin çözmeye hedeflediği “problem” olarak tanımlanmıştır. Son 3 yılda, laboratuvarım T .thermophila’da insan insülini, IFN-β’sı ve büyüme hormonunun rekombinant üretimini gerçekleştirmiş fakat rituximab gibi üretim verimliliği düşüklüğü problemi ile karşılaşılmıştır; bu nedenle sekretomda bulunan proteaz enzimlerinin sayısal fazlalığından dolayı proteaz probleminin “terapotiklere özel çözümlenmesi” gerektiği sonucuna varılmıştır. T. thermophila’da rekombinant üretilen rituximab’ın üretimi Cilian Firması (Almanya) tarafından patentlenmiş olmasına karşın endüstriyel üretimi verim düşüklüğünden dolayı mümkün değildir. Projemizin hipotezi, T.thermophila SB210’nun sekretomun üretilen/üretilecek terapötiklerden anti-kanser rituximab’a spesifik parçalayıcı proteaz enzimleri içerdiği ve bu enzimleri kodlayan gen(ler)in genomdan silinmesi ile üretim verimliliği arttırılmış mutant ırklar üretebileceği, olarak ileri sürülmüştür. Proje önerimiz 3 İş Paketinden oluşmaktadır. 1. İş Paketinde; pH kontrolü yapılmaksızın biyoreaktörde büyütülen T.thermophila’nın büyüme log, durağan ve ölüm faz sekretomlarının (konsantre edilmeksizin) kasein ve rituximab substratlarına karşı in vitro toplam proteaz aktivitelerinin değişik pH aralıklarında karakterizasyonu, gerçekleştirilecektir. 2. İş Paketinde; pH kontrolü yapılarak biyoreaktörde büyütülen T.thermophila’nın büyüme eğrisinin log ve durağan faz sekretomları (100 kat konsantre edilerek) rituximab kopolimerize edilmiş PAGE ile gerçekleştirilen 2D-proteaz aktivite zimogramında analizleri gerçekleştirilecektir. Rituximab substratının parçalandığı spotlar kesilerek LC-MS/MS analizi ile bulunan proteinler ve kodladığı genler kimliklendirilerek, belirlenecektir. 3. İş Paketi; Rituximab’ı parçaladığı belirlenen proteaz kodlayan genler, mikroçekirdek ve makroçekirdek genomlarından birer birer CRISPR-Cas9 gen-silme yöntemi kullanılarak silinmesiyle “homozigot tek gen KO mutant hücre paneli” oluşturulacak ve bu mutantların sekretomal toplam proteaz aktivitelerinde gerçekleşen düşüş, in vitro reaksiyon ile tekrar tanımlanacaktır. Tek gen KO mutant hücre panelinde rituximab’ı en yüksek parçalama aktivitesi gösteren KO mutant hücre hatlarının birbirleri ile konjugasyonuyla genetik çaprazlamalar gerçekleştirilerek “double knock-out, triple knock-out ve hatta 4’lü, 5’li KO mutant hücre” hatlarının oluşturulması ve bu hücrelerin sekretomal toplam proteaz aktivite karakterizasyonu sonucunda rituximab’a karşı toplam proteaz aktivitesi en aza indirilmiş sekretoma sahip multiple KO mutant hücre hatları üretilecektir.

TÜSEB Tamamlandı 02.07.2021-02.10.2023

Kronik Yaraların Tedavisi İçin Anti-bakteriyel ve Anti-biyofilm Özellikte Doğal Polimer ve Bitkisel Etken Madde içeren Nanofiber Yerli Yara Örtüsü Üretimi

Doğal Kaynaklı Ürün-Nanoteknoloji

TÜSEB Tamamlandı 01.11.2021-14.06.2023

Amniyon Membran Ekstrakt Göz Damlası İçeriğinin Klinik Uygulama ile Korele Olacak Şekilde Standardizasyonu ve Oküler Yüzeyin Deneysel Kimyasal Yanık Modelinde Etkinliğinin Gösterilmesi

TÜSEB Tamamlandı 08.04.2022-14.12.2023